Le Fonds franco-allemand pour la musique contemporaine est doté de deux instances :
- un Comité de pilotage, regroupant les représentants des financeurs, présidé par le Conseiller culturel de l´Ambassade de France en Allemagne : il a pour objet de définir les axes d´intervention du Fonds et de s´assurer de leur suivi.
- un Comité artistique - en cours de constitution -, composé de douze professionnels, qui réunit paritairement des personnalités françaises et allemandes reconnues pour leur expérience et leur connaissance des enjeux de la création. Le Comité artistique se réunit deux fois par an, sous la présidence du Conseiller culturel de l´Ambassade de France en Allemagne, afin d´analyser les dossiers et de sélectionner les projets les plus pertinents.